Dalam tempoh pemerintahan Jepun di Tanah Melayu, iaitu selama 3 tahun 8 bulan telah meninggalkan kesan yang penting terhadap pentadbiran Tanah Melayu.
- Dalam bidang politik, Jepun telah menyatukan pentadbiran Tanah Melayu dengan Sumatera dengan ditadbirkan menerusi ibu pejabat mereka di Singapura. Bagi memastikan agar tidak berlaku pemberontakan sebuah lagi pasukan tentera telah dibentuk. Satu pasukan polis tentera yang dikenali sebagai ‘kempetei’ telah ditubuhkan bagi mengambil tugas polis.
- Sebuah mahkamah tentera ditubuhkan pada 1943 untuk membicarakan kes politik.
- Bagi mendapatkan sokongan rakyat, kedudukan raja-raja Melayu telah dikekalkan dan dijadikan penasihat berhubung dengan hal-ehwal agama. Mereka dijanjikan elaun sepertimana sebelum perang, walaupun bayaran tersebut tidak pernah dibuat sepenuhnya.
- Satu Majlis Penasihat Negeri telah ditubuhkan dengan keanggotaannya terdiri daripada wakil semua kaum. Sultan hanya dilantik sebagai Timbalan Pengerusi atau penasihat kepada Residen Jepun yang menjadi pengerusi. Bagi mendapatkan sokongan penduduk Tanah Melayu, pelbagai pertubuhan kebajikan bagi kaum berlainan ditubuhkan tetapi tidak mendapat sokongan.
- Bagi memastikan agar Tanah Melayu terputus hubungan luar khususnya maklumat dari siaran radio pihak Berikat, Kerajaan Jepun pada Ogos 1942 telah membuat keputusan untuk mengharamkan simpanan ataupun penggunaan radio gelombang pendek. Pada September 1943, filem-filem kepunyaan musuh Jepun telah diharamkan penayangannya di Tanah Melayu. Pada Ogos 1944, muzik pihak musuh telah diharamkan daripada dimainkan atau disimpan. Pada Oktober 1944, tempat hiburan juga telah diharamkan.
- Bagi meraih sokongan pemerintah Siam tentera Jepun telah menyerahkan negeri Kedah, Perlis, Kelantan dan Terengganukepada Kerajaan Siam.
- Dalam usaha untuk memastikan orang Melayu memberi sokongan kepada pemerintah Jepun, tentera Jepun telah membebaskan tahanan politik yang ditahan semasa pemerintahan British yang telah kembali menghidupkan pertubuhan Kesatuan Melayu Muda (KMM) yang dipimpin oleh Ibrahim Yaacob. Walaupun begitu, pihak Jepun telah mengharamkan KMM pada 1942 kerana gerakan ini mula menunjukkan sikap penentangan terhadap pemerintah Jepun.
- Di Tanah Melayu, Jepun telah menubuhkan Pentadbiran Tentera Pusat (Centralised Military Administration) yang diketuai oleh Gunseikan atau Presiden yang bertanggungjawab kepada Pemerintah Tertinggi Tentera (Commander in Chief) bagi angkatan tentera kawasan ketujuh di Singapura. Pentadbiran awam berjalan dengan penyeliaan tentera. Tanah Melayu telah dibahagikan kepada lapan kawasan dan tiap-tiap kawasan diketuai oleh seorang Gabenor.